вот, подошли к главному... в такой ситуации возможно 2 варианта:
1-приложение заморожено, тогда возникает исключение и не известно заранее его последствия
2-приложение запустится, но т.к. его вызвал другой процесс, а не событие автостарта, то по завершении нужного действия либо вызывающего процесса, наш закроется сам и не будет висеть в памяти... ;:
-------------
Добавлено в 09.10: Теперь, надеюсь, моя мысль ясна, зачем автостарт отключать лучше, а не убирать приложение из системы..?