Смысл дефрагментации состоит в том, что каждый файл записывается в последовательную область памяти, т.е. "одним куском" (т.к. при создании он пишется туда, где свободно, и может быть порезан на много фрагментов). После этого _на жёстком диске_ это приводит к тому, что уменьшается время чтения файла за счёт того, что читающей голове не приходится скакать по всему диску, а чтение идёт последовательно. _На флэшке_ это не приводит ни к чему, т.к. нет головы, которую надо двигать, и время чтения файла "одним куском" и разбитого на много мелких фрагментов абсолютно одинаково. Мало того, каждая ячейка флэшки имеет ограниченное (хоть и большое) количество циклов перезаписи и бессмысленной дефрагментацией вы значительно сокращаете это количество.
По этой же причине (продление жизни флэшки) рекомендуется приложения, активно работающие с диском и плодящие много временных файлов, ставить в тело. Например браузеры. Да и шевелится оно быстрее за счёт быстрейшей памяти.
Кстати, Вин7 распознаёт SSD-диски и отключает для них дефрагментацию.
ЗЫ. Вы бы ещё Calibrate вспомнили (была такая операция с дисками на заре ДОСа)