Не всегда файл bootanimation.zip находится в папке /system/media/ Смотря какая прошивка... В некоторых файл называется htc_bootanimation.zip, и находится он может и в data\local, и в system\customize\resource.
Куда автор проши положит... Поэтому надо сначала посмотреть, где находится, и как называется родной файл, а уже потом переименовывать (если надо) и менять.