Dr.zorg82, Они были в папке, или в архиве кучей файлов? Если в папке - так папкой и оставляй. Если куча файлов, лучше поместить их в папку (самому проще потом с ними будет) И индексируй эту папку.
У меня есть карта всей раши, скачанная с офф сайта .nm3, могу ли я кинуть эту карту вместе с файлами из архива ( несколько файлов .nm2) в одну папку и создать атлас?
Dr.zorg82, Нет, вместе карты разных форматов работать не будут. Поэтому тебе и советовали левые карты в отдельную папку ложить. Просто в зависимости от обстоятельств можно будет выбирать нужный атлас.