проблема в том, что сама программа magic key ведет тебя неадекватно если назначать какие либо кнопки на все приложения. В данном случае назначение ctrl на все приложения может вызвать глюк программы. Поэтому советую ставить ее на те программы, в которых эта кнопка вам нужна.