Если Скайп работает сносно, то если и шейпит, то не сильно. Можно проверить например на скачивании торрентов, если траффик пойдёт через инет, а не локалку, то скорость должна упираться в оплачиваемую провайдеру. Если на любых торрент-файлах она стабильно ниже - значит шейпинг таки присутствует, несмотря на все убеждения в обратном. При использовании роутера, ограничения траффика разных протоколов возможны в настройках самого роутера.