WOLF2, да, ссылкой на него, но, может быть два варианта, или ссылка на него в фс устройства, или файл копируется в служебную папку программы и в заметке ссылка на такую копию.
Сейчас создал текстовой файл в произвольной папке, "вставил" в заметку (Joplin), проверил -- открывается через внешний просмотрщик. Потом удалил изначальный, перезагрузился -- в заметке по прежнему открывается.
upd
Но, с текстом не корректно, слишком малый вес. Картинки так вставленные остаются, после обычного удаления их. С zip и apk пока не понял, они, вроде, есть, но и сделать с ними ничего нельзя. Надо разбираться, короче.