После распаковки программы (например через SmartSIS) и распаковки ехе файла (например через программу SmartCoexist) с помощью программы MobilHex (выбрать плагин работы с ехе), в файле
!:\sys\bin\AutoMacro.exe
меняем имя скрипта (по умолчанию MacroMain.cfg, изменяем например на Macro-1.cfg), дальше меняем имя файла
!:\system\AutoMacro\MacroMain.cfg
На то которое изменили (Macro-1.cfg), после с помощью программы MobilHex (выключить плагины) в файлах
!:\private\10003a3f\import\apps\AutoMacro_reg.rsc
!:\resource\apps\AutoMacro.rsc
Изменяем название (AutoMacro изменим к примеру на AutoMacro-1)
!:\sys\bin\AutoMacro.exe
!:\private\10003a3f\import\apps\AutoMacro_reg.rsc
!:\resource\apps\AutoMacro.mif
!:\resource\apps\AutoMacro.rsc
Опять же изменяем название к примеру на AutoMacro-1, дальше идем в SmartSIS>Altere32>Выбираем файл (бывший AutoMacro.ехе)
!:\sys\bin\AutoMacro-1.exe
Меняем уид на любой другой, и регистрируем 2-а файла (кнопка Reg. RSC)
!:\private\10003a3f\import\apps\AutoMacro_reg.rsc
!:\resource\apps\AutoMacro.rsc
Осталось только запаковать с измененым уидом...
P.S. Ну эт мой способ, может можно и проще, но я не видел подобного (создание клонов программой SmartCoexist не считается, там получаются некрасивые, как попало сделаны клоны