Да всё нормально сохраняется и в Х-плоре. Когда нужно сохранить, жмем меню, убираем галочку с юникода и снова меню-сохранить. Вот и всё. Лично я так сохраняю. Можно и через Деда, там вообще помоему сохраняет в нужной кодировке, но я им как то мало пользуюсь, всё больше и Х-плоре.
-------------
добавлено в 11.10: У меня другая проблема. Не могу ни как усвоить суть конфигурации xml, просмотрел много тем, в частности эти конфиги, вроде общий смысл понятен, но начинаешь писать этот xml и то одно не работает, то другое, если тупо брать тему и конфиг из неё, затем путем замены графических элементов и вписыванием своих координат расположения картинок, получается ерунда. вот тут и сталкиваешься с проблемой. Пробовал просто менять плагин, например часов из другой темы, опять трудности, мигание цифр при смене минут, хотя в родной теме они не мигают. Замучился честно говоря 
одну несчастную тему долбаю уже три месяца