Sata 2 и sata 3 между собой совместимы. Но разница между ними конечно же есть. Например в пропускной способности. Максимальная у 2 - 3гб в секунду, у 3 - 6гб. Ну и частота у третьего поколения повыше. Это на бумаге. В повседневном пользовании разница может быть не заметна. Если вы не пользуетесь профессиональным софтом. Так например архикад на ssd подключённом к sata 3 загрузится практически в 3 раза быстрее чем в случае с sata 2.
Раздел с загрузчиком на новом диске активный (ПКМ на разделе в визарде, для сравнения, на первом он будет ативный точно) и в биосе выбрана загрузка с нового диска? Можно, чтоб наверняка, сделать неактивным раздел на первом диске, но тогда в случае неудачи не загрузится ничего! поэтому, лучше заранее запастись Live USB на флешке -- там же на странице выше, и там же про 1) проверку возможности загрузится 2) и про восстановление загрузчика. forum/topic_1728149212/63/9680#1865691641 только обязательно это делать и отключив первый диск, чтобы что-то случайно не перепутать.